Matthew Fontaine Maury est né dans l’Etat de Virginie, le 14 janvier 1806. Il passa sa jeunesse dans le Tennessee, en rêvant de rejoindre la marine. De 1825 à 1834, Maury accomplit ses trois premiers grands voyages : en Europe, autour du monde et sur la côte pacifique d’Amérique du sud.

De 1834 à 1841, Maury publia plusieurs ouvrages sur la navigation en mer. Il commença également à écrire des essais politiques appelant à une réforme de la marine. En 1842, Maury fut nommé surintendant du Depot of Charts and Instruments du Ministère de la marine. Il entreprit alors publier ses recherches océanographiques et météorologiques. A l’automne 1853, Maury, internationalement reconnu pour ses travaux, fut envoyé comme représentant des Etats-Unis à la première conférence maritime de Bruxelles. Déjà connu en Europe pour ses cartes de vents et de courants en différentes régions maritimes du globe, Maury en fut l'animateur, et son système d’enregistrement des données océanographiques recueillies par les navires militaires ou marchands fut alors adopté dans le monde entier. En 1855, il publia The Physical Geography of the Sea, qui est aujourd’hui considéré comme le premier manuel d’océanographie moderne.

Le 20 avril 1861, trois jours après la sécession de la Virginie, Maury démissionna de la marine des Etats-Unis. Quelques jours plus tard, il accepta le poste de commandant de la marine des Etats confédérés. Grâce à sa renommée internationale, il fut envoyé en Angleterre comme porte-parole du gouvernement confédéré et de la cause sudiste. Pendant la Guerre de Sécession, Maury parvint à acquérir des vaisseaux de guerre pour les Confédérés, et à organiser la défense des ports en faisant usage de mines électriques.

Après avoir passé quelques années consécutives à la Guerre de Sécession en Angleterre, Maury retourna en Virginie en 1868 pour accepter le poste de professeur de météorologie au Virginia Military Institute. A l’automne 1872, Maury tomba malade pendant l’un de ses cours. Il mourut le 1^er février 1873.